很多人不理解诸葛亮的做法，便上奏折给皇帝刘禅：“丞相使野蛮的南人归顺了我们，可他们毕竟还未开化，且还不能对他们完全放心，很有可能今天降服，明天就再次背叛我们。所以最好还是选用汉人官吏前去治理，一方面使他们感受我们汉文化的熏陶，也可以从政治上约束他们。如果这样做，十年内他们就会被同化，这才是上策啊。”
刘禅也是个没有主意的，他听了大臣们的话觉得也有道理，就派人将诸葛亮请来。诸葛亮早就知道此举必然会引起朝廷中大臣的疑惑，就朗声对大臣们说道：“你们说的并非没有道理。但是，事情并不是你们想得那么简单。首先，南蛮人刚刚被我们打败，他们的父母兄弟多有折损，活下来的人对我们怎么可能不怨恨呢？如果我派了我们自己的官吏过去，又不派军队进行保护，你们能放心吗？既然有了军队，就还要有足够的粮草供应。其次，如果我们派了汉人官吏过去，那么南蛮自己的官员必然不会相信我们，而且最熟悉当地情况的还是他们，如果他们不配合，我们再有能力也很难施展，将来一定会产生矛盾。”在座的官员们听了，一时都说不出话来。
诸葛亮停顿了一会儿，接着说：“所以我们现在的当务之急不是急着派我们的官吏过去，而是先制订出治理当地的方针制度。然后告诉他们，我让他们自己的官吏治理自己的地区，我一不留官吏，二不派军队。这样的做法，不仅可以建立彼此的信任，也能够在节省人力物力的基础上最大程度地治理好南中地区。”诸葛亮的一番话，说得大臣们再也没有任何疑义。
后来，诸葛亮在南中调整了郡县的设置，并且吸收来自当地名门望族的人做官，凭借他们的影响力治理南中，取得了良好的效果。当然，诸葛亮的政策也是根据情况不断变化的，等他感到南中地区的民族情绪已经得到安抚，生产生活也已经步入正轨，他就有选择地安排身边有能力的官员前去治理。由于最不稳定的时期已经过去，汉人和当地人的磨合并没有发生大的矛盾。第一任被派往南中的太守马忠在任上深受当地老百姓的爱戴，他处事果断，恩威并施，使当地各族人民的生活向安定有序的方向发展。马忠死后，当地人为他立了祠堂纪念他。
诸葛亮对南中地区的治理谋略，充分展现了其统御能力和管理水平。诸葛亮选择从“归属感”的角度出发，清楚地认识到不同群体，都有其不同的心性和物欲，他不可能完全满足群体每一个人的要求，又不能因顾此失彼而失掉凝聚力，于是必须求一个可以服众的“公”理，那就是由南中地区自主管理。在这个过渡阶段，诸葛亮所代表的统治力量不过多参与到南中的治理事务中，这种以德服人的包容与理解换来的是南中地区人民的爱戴。这就是所谓的体察人性，顺应人情，然后可以根据这些情况采取措施，事情就一定会成功。
